У всех, кто сталкивался с первой частью Mass Effect, теперь есть возможность и данной версии. События в этой игре, берут свое начало с окончания второй части. Шепарда и его помощников, отправляют уничтожить последних из героев. В то время, как они плыли на корабля для выполнения своей миссии, на их корабль внезапно нападают. Всего несколько шагов отделяют нас от того, чтобы дойти до мостика и увидеть смерть Шепарда. Но после его смерти, нашему вниманию представлен ролик о том, как он оживает. Теперь, вы можете создать персонажа сами.