Как и в предыдущих частях этой игры, эта часть не обделена кровавыми схватками не на жизнь, а на смерть. Несколько столетий прошло после того, как Шао Кан наконец одержал победу над Рейденом. Но всего благодаря нескольким секундам перед своей смертью, Рейден все, же спас этот мир. Перед своей гибелью, он отправляет послание в прошлое, в тот период, когда Шао Кан не имел такой силы.